Для осуществления учебно-производственной и научной деятельности ЦПАП располагает закрепленными административными помещениями, предметными аудиториями, тренажерными классами (радиолокационной навигации, ГМССБ, машинного отделения, грузобалластных и технологических операций на танкерах и др.), кабинетами и учебными лабораториями, а также современными средствами делопроизводства и коммуникации.

Для полномасштабного функционирования ЦПАП использует по графикам предметные аудитории, классы, кабинеты и лаборатории других кафедр (гидродинамики и теплотехники, дизелей, турбин, котлов, вспомогательных механизмов, холодильных машин, технического обслуживания и ремонта дизелей, топливной аппаратуры, вспомогательных механизмов, судоремонта, анализа воды, топлива и масла, технической эксплуатации флота, электро- и радионавигационных приборов, охраны труда и окружающей среды, судового электрооборудования и автоматики, штурманские классы, лингофонный кабинет и др.).

На договорных началах ЦПАП использует учебно-материальную базу родственных учебных заведений и предприятий морской индустрии: учебно-тренировочное судно "Жуковский" СГП "Атлантика", учебно-тренажерный комплекс по выживанию и безопасности на море Севастопольского военно-морского института, производственную базу ДП "Профессионал ОАО "Севморзавод", Севастопольского центра профессионально-технического образования, суда ГАП "Черноморнефтегаз", СГП "Атлантика" и др..